El buit del temps

L’any 2010 és el de la biodiversitat. S’anuncien nombroses activitats però l’èmfasi tornarà a ser sobre la biodiversitat macroscòpica. Ja ho diu el meu admirat Carl Zimmer: If you want to appreciate the diversity of life on earth, you will need a microscope. Perquè cada vegada que parlem de biodiversitat hauríem de pensar que hi ha molta més de la invisible que de la visible, la que ens mostren els documentals de la tele.
Zimmer es fa ressò, en un recent article a NYT, del projecte de seqüenciar el genoma d’una varietat de microorganismes que compensen el biaix en la distribució d’informació dins de l’arbre de la vida. Hom ha seqüenciat centenars de genomes per l’interès mèdic o biotecnològic de l’organisme estudiat i això ha fet que les branques de l’arbre de la vida explorades no estiguen distribuïdes homogèniament. Poques vegades s’han plantejat projectes per l’interès fonamental de conéixer millor la biodiversitat microbiana i la seua evolució.
Ara que seqüenciar genomes és tan barat, el Joint Genome Institute (pertanyent al Departament d’energia dels EEUU) i la col·lecció alemanya de cultius tipus (DSMZ) proposen el projecte Genome Encyclopedia of Bacteria and Archaea (GEBA) per reequilibrar la situació i incrementar la resolució de la nostra imatge de l’arbre de la vida. El passat 24 de desembre Nature publicava una primera anàlisi basada en 56 genomes de microorganismes escollits per la seua posició filogenètica estratègica (l’article és lliurement accessible). Ja d’entrada han descobert més de 1.700 famílies de proteïnes noves!
Un aspecte força interessant del projecte GEBA és que hi posen a disposició de la comunitat educativa un munt de genomes per a que els estudiants universitaris s’entrenen i puguen analitzar-los: adopta un genoma per a educació és una brillant idea per tal d’enrolar els estudiants en projectes científics. De fet, uns estudiants del Davidson College ja han publicat un article sobre el genoma que han analitzat pertanyent a un arqueu halofílic (Halorhabdus utahensis). El treball ha consistit en comparar els diferents mètodes computacionals d’anotació funcional (assignació de funcions a seqüencies de gens), un exercici crític de gran interès per evitar l’acumulació d’errors en les bases de dades.
Si ja ens sembla que sabem poc de la biodiversitat macroscòpica real, resulta difícil de quantificar la nostra ignorància sobre la biodiversitat microscòpica. I, tanmateix, són els microorganismes els que dominen les cicles geològics dels elements… amb permís de totes les barbaritats antropogèniques que es vulga.
El dibuix pres del NYT representa l’arbre filogenètic de tots els genomes bacterians amb el genoma complet seqüenciat fins avui, amb els 53 genomes acabats de publicar (punts) estratègicament distribuïts (noteu com d’actinobacteris, a la dreta, hi havia una representació menor en les bases de dades actuals).

Us ha agradat aquest article? Compartiu-lo!