Júlia d’Aragó , filla del rei últim de Nàpols , desembarcà a la platja del Grau de València, acompanyat de la seua germana Isabel el 27 de juliol de 1534, foren rebudes pel seu germà Ferran d’Aragó , duc de Calàbria i virrei de València . Júlia d’Aragó era devota de l’Orde dels Mínims de Sant Francesc de Paula i desitjava trobar a València un lloc per tal de fundar un convent d’aquest Orde , amb aquesta finalitat féu vindre de Nàpols Dotze Religiosos Mínims .
El Pare Jeroni de Santaella , provincial dels Mínims buscant un lloc adequat per tal d’establir el seu convent va veure com idoni l’ermita de Sant Sebastià amb una xicoteta porció de terra , i que confrontaven amb la casa i horta que posseïen els Jerònims de la Murta d’Alzira a València . En setembre 1535 acompanyats del bisbe auxiliar Francisco d’Estaña i del Capítol Catedralici van prendre de possessió del lloc els Religiosos Mínims .
Júlia d’Aragó veient l’estretor de l’edifici va aconseguir del Papa Paulo III el 10 gener 1536 que els Jerònims cediren la casa contigua i la seua horta per tal d’ampliar l’edifici conventual , fent-se seguidament realitat . L’església primitiva
va ser consagrada el 18 de setembre de 1547.
El pare Lucas Montoya va portar de Nàpols Les relíquies i efígie de Sant Francesc de Paula, que es venerà a l’esmentat convent . L’edifici conventual va ser famós, i fou un dels més notables de la ciutat de València . En el mateix se celebraren diversos capítols Generals de l’Orde .
El temple que ens ha arribat a l’actualitat es va començar és edificar el 7 de setembre de 1726 i s’acabà en 1739 , fou beneit amb gran solemnitat . El diissenyà l’arquitecte José Cardona i Perusa , deixeble del pare Tosca i foren mestres d’obra José Padilla que morí el 1729 i seu nebot Jaume Padilla que
pràcticament el dugué a terme. Les seues mides són 44 metres, 25 centímetres de longitud total; 20 metres de creuer i 9 metres i 16 centímetres de latitud de la nau . Les alcades fins a la cornisa d’11 metres i 16 centímetres, que li donen unes mesures molt proporcionals .
Entre els Religiosos Il · lustres que van habitar l’esmentat convent cal destacar al beat Gapar Bono (1530-1640) .